遺体の発見
孤独死が疑われる場合、通常は近隣住民、家族、友人などから通報があります。場合によっては、近隣住民や新聞配達員等が異臭に気づき、自治体に報告され発見に至ることもあります。

警察や消防署への通報
発見者は警察や救急隊に通報します。警察は現場に駆けつけて状況を確認し、必要に応じて医療関係者や検死官を呼びます。

現場での状況確認
到着した警察や医療関係者は、現場の状況を詳しく確認します。これには、死亡時の状況や遺体の状態、遺留品などの調査が含まれます。
また、同時に事件性があるかどうかの調査を行います。

遺体の搬送
死亡が確認されると、遺体は適切な機関に搬送されます。通常は、検死やＤＮＡ鑑定が行われます。

遺族への通知
死亡者の身元が特定された場合、警察や自治体の担当者（福祉課など）から遺族に通知されます。

遺体の引取り
通常は、遺族が遺体を引き取り葬儀等を行います。
死亡から長期間が経過して発見された場合など遺体の腐敗が激しい場合は、身元の特定ができず一旦身元不明死体として扱われ、ＤＮＡ鑑定が行われることもあります。その場合は、ＤＮＡ鑑定が完了し身元が確定するまで（１〜３ヵ月間）荼毘に付すことはできません。
死亡者にかかりつけの歯科医院がある場合、生前の歯形により早期に身元判明に至ることもあります。

環境処理
孤独死が発生した場所は、適切に清掃や処理が行われます。状況によっては、遺体が接していた部分の除去・消毒のため特殊清掃を行う場合もあります。
通常、特殊清掃は遺品整理業者などの専門業者により行われます。

遺産整理
遺族や関係者が遺産の整理を行います。これには、財産調査、債務調査、遺言書確認、残置物処理、遺産分割協議、不動産名義変更、預金払戻し、財産の分配、年金手続きなどが含まれます。